奋力平定当地土司沙定洲的反叛后，适逢原张献忠大西军旧部孙可望、李定国、刘文秀等人率数万人由川西一带退入云贵，杨畏知起初领兵抵抗，兵败落水，被孙可望救起，表达了联明抗清的意愿，杨畏知乃受命招抚孙可望部，相约联明抗清，并折箭为誓，约法三章：“不用献忠年号，仍尊明朝；不杀百姓；不掳妇女。”

    可惜杨畏知不知道孙可望却是个居心叵测之人，自恃兵多日益骄横，刚入云南安定不久，寸功未见便要求封其为秦王。

    由于朝廷坚持异姓不封王的祖制，未能满足其要求，孙可望心生不满，九月亲自率兵至贵州边境，并派部将率骑兵六百人至南宁，名为保护朝廷，实际是窥视朝廷动静，以兵威相逼。

    适逢李过病逝，郧国公高必正也受群臣排挤，入朝提请回四川作战，说了一句公道话：“本朝无异姓封王例，我破京师，逼死先帝，滔天大罪，蒙恩宥赦，亦止公爵尔。张氏窃据一隅，罪固减等，封上公足矣，安敢冀王爵？自今当与我同心报国，洗去贼名，毋欺朝廷孱弱，我两家士马足相当也。”又致书孙可望相劝，词义严正。

    孙可望恼羞成怒，竟于高必正回川途中悍然围攻，击杀了高必正等主要将领，只余李来亨一人逃至四川，召集旧部数万人，重新打出“夔东十三家”旗帜，继续抗清。

    十月，清军连破广州、桂林，来势汹汹，永历帝情急之下，允诺封孙可望为冀王，孙可望却仍不受，坚持请封秦王。